Работа на таком оборудование производится согласно следующему алгоритму:
- заготовка устанавливается на рабочем столе;
 - оси оснастки и центра отверстия совмещаются;
 - обрабатываемую деталь фиксируют;
 - производится сверление или обработка готового отверстия.
 
При необходимости проведения еще одной операции заготовка открепляется, и описанный алгоритм повторяется заново. Минусом вертикальных станков является невозможность горизонтального перемещения шпинделя, из-за чего постоянно приходится переставлять деталь. В соответствии с перечнем операций производятся, кроме сверления, развертывание, нарезание резьбы, зенкерование, а также другие доступные процедуры.